国内外的研究表明，螺旋藻的蛋白质含量高达干重的58%-71%。对蛋白质活性的研究目前多集中在藻胆蛋白。藻胆蛋白占蓝藻细胞可溶性蛋白的60%，它是蓝藻类主要捕获光能的色素蛋白，在光合作用过程种起着重要的作用。根据其光吸收的范围，可分为藻蓝蛋白、别藻蓝蛋白和藻红蛋白三类。其中藻蓝蛋白具有提高人体免疫力、促进动物血细胞再生功能，在细胞学和免疫学的研究中还被用于荧光探针。此外，藻胆蛋白还用作天然色素，添中于食品和化妆品中。
目前已经对钝顶螺旋藻、极大螺旋藻以及盐泽螺旋藻藻胆蛋的分离、提取纯化及性质进行了系统研究。刘其芳等（1988）进行了盐泽螺旋藻藻胆蛋白的分离和性质研究，报道了藻蓝蛋白和别藻蓝蛋白氨基酸组成。
李建宏等（1996）对极大螺旋藻藻蓝蛋白的性质进行了研究，指出极大螺旋藻的藻蓝蛋白由大小两个亚基构成，其分子量分别为19000道尔顿和17000道尔顿。其最小分子量为36000道尔顿，小于钝顶螺旋藻的藻蓝蛋白（44000）道尔顿，与盐盐泽螺旋藻的藻蓝蛋白的（35500道尔顿）相近。吸收光谱显示该蛋白在348纳米和620纳米有吸收峰，其荧光发射峰位于646纳米。该蛋白循规蹈矩环伏安扫描曲线显示，当扫描速度大于0.2伏/秒时，呈现两个氧化和两个还原峰。俞丽群等（1999）报道了钝顶螺旋藻藻胆蛋白的纯化及清除自由基的作用。证明藻蓝蛋（C-PC）由大小两个亚基组；分子量分别为17200道尔顿和14900道尔顿；别的藻蓝蛋白（APC）由一个亚基组成，分子量为13400道尔顿。它们的最大吸收峰分别在620纳米和660纳米处，荧光发射峰位于648纳米。APC的变性温度在49.0-60.5℃范围。应用黄嘌呤氧化=黄嘌呤-Luiniol发光体系证实APC对O2具有清除作用。蔡心涵等（1995）用钝顶螺旋藻藻蓝蛋白处理两种癌细胞作体内外激光治疗试验，证明藻蓝蛋白具有光敏作用，具无毒、元副作用，可开发为一种光敏剂用于激光治癌。