螺旋藻的工业化生产在食品及食品添加剂、饲(饵)料及饲料添加剂、医药工业上都有了很好的应用。限制其规模的主要是生产成本过高，而减少基本投资，提高螺旋藻产量，将使螺旋藻产业有更光明的未来。改进的方面主要有以下几点：
1)研制廉价培养基配方和选择合适培养条件。配制培养基时尽量利用盐碱水、海水、养殖及工业废水中的盐分和无机离子，并与驯化、筛选相结合，研制出适合培养种类生长的廉价培养基。还可以将螺旋藻培养与生物富集技术相结合，在保留原有的营养及活性成分的基础上，更加提高螺旋藻的营养及医疗保健价值。
2)改良与筛选相结合，以获得含有高浓度目标产物的优良工程藻株。可以通过自然选育、诱变育种和通过遗传工程改造现有藻种，提高藻种的光饱和值和抗光抑制以及抗逆、抗污染能力，也可利用螺旋藻表达外源基因。通过培养工艺的改进，也能增加目标产物的含量。
3)改进光生物反应器系统，或开发更有效的生产系统，使太阳能辐射的利用率大大提高，在全年获得高而稳定的产量，是降低成本的最重要的因素。异养化螺旋藻的生产养殖系统特别值得注意，应大力研究。
4)改进采收及加工工艺。开发高效率的干燥系统，使采收、干燥和加工一条龙，系统实现自动化。在对现有的螺旋藻生物技术改进的同时，开辟新的资源和开发新的螺旋藻产品，可以进一步拓宽螺旋藻的应用领域，使螺旋藻产业迈上一个新的台阶。值得注意的是提取新的螺旋藻生物活性物质，特别是有药用价值的生物活性物质。